秘组织GOD看中了神敬太郎博士，逼其加入，教授拒绝遭袭，儿子神敬介也被杀害，父亲为了让儿子复活，亲自为儿子进行改造手术。敬介醒来后，父亲已死，透过计算机留言，敬介了解GOD欲危害世界的阴谋，于是背负起对抗邪恶的责任，成为第五号的假面骑士X。
GOD组织全名为 Goverment Of Darkness，是以征服世界为目标的邪恶组织，初期的干部为阿波罗盖斯特，后期为黑暗之王。 而作品也分为两个部分。前半部分的希腊神话系列，敌人均为希腊神话的人物。经典角色就是阿波罗盖斯特，设定为原德军的秘密警察，加入GOD之后担任第一室（秘密警察部队）的室长。所以其名字就是希腊神话太阳神“阿波罗”加纳粹秘密警察“盖世太保”的结合。为人卑鄙无耻，利用完当场处决。在不敌X骑士之后假意对X的实力表示赞赏，提出握手言和。实际上是打算自爆拉X做垫背，无奈X骑士超高的防御力，没有造成任何伤害。后被咒博士派人复活，但是由于没有维生装置的材料，只有不到1个月的寿命。要想活下去就必须抢夺X骑士体内的生命维持装置。作为一个忘恩负义的典型恶役，再生后阿波罗盖斯特按照惯例杀死了复活自己的科学家。（8-21话登场） 后半部分被称为恶人军团系列或世界名人系列。是以恶搞各国历史名人作为怪人的剧情。最为有名的有以下三个怪人。 海星希特勒，希特勒的真身，拷问专家。可以变化成海星或者利用和自己相关的画像瞬间移动。这里实在是非常讽刺的一段，前两作假面骑士中的3个组织均为希特勒所创，纳粹的残党。所以希特勒在前几作中虽然没有实际上的登场，但是对剧情可以说是举足轻重的人物。而到了X骑士中居然沦为一个杂兵头子，实在有些烂尾的感觉。而更加让人哭笑不得的是在能力上注明了是“拷问专家”，堂堂纳粹元首居然是个监狱的狱卒兼拷问官出身，着实让人感叹当时作者随意的一笔产生的喜剧效果。而海星希特勒的智商在剧情里非常的搞笑，虽然仗着自己多次把对手拉入深海欺负的经验照搬到X身上，殊不知X骑士也是深海用改造人。必杀技：希特勒剑，希特勒火箭炮。而最后自爆攻击也没能伤到X骑士。（另外，只有这个怪人是按照历史人物肖像刻画的，其余恶人军团角色的头部造型均为主观创作。）（26话登场） 蜘蛛拿破仑，拿破仑的真身。可以利用拿破仑肖像画瞬间移动，很有绅士风度但下手非常狠毒。利用自己的毒蜘蛛在X骑士变身前注入毒素，然后利用特殊蜘蛛丝吸干了X的能量。如果不是假面骑士V3出手相助，那么故事就结束了。被回收的X得到的再改造，习得了超必杀技“真空地狱车”，轻松结果了蜘蛛拿破仑。（28话登场） 蜈蚣杨玉环，杨贵妃的真身。能力为易容，处决了逃亡的杨博士之后伪装成博士的女儿企图偷走设计图。武器是双节棍，非常恶搞。这集非常有中国风味，可惜非常穿越。把唐朝的人物，清朝的服装，民国的武器等等统统杂烩在了一起。而这集的战斗员都留着清朝的发辫，X骑士也摆出了李小龙的经典套路。（33话登场） 假面骑士X的父亲就是被GOD组织杀害，最终决战中，X把控制黑暗之王的咒博士杀死，令黑暗之王爆炸，GOD从此灭亡.......
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